Deux jeunes garçons de 14 ans, Ellis (Tye Sheridan) et Neckbone (Jacob Lofland) s'évadent des baraques sinistres où leurs familles respectives vivotent, au bord du Mississippi, pour vivre leurs propres aventures secrètes à l'insu des adultes. L'une d'elles les amène à découvrir sur une île du fleuve un bateau perché dans un arbre, et ils forment le projet d'en faire leur repaire... pour découvrir que quelqu'un d'autre en a déjà fait sa cachette.
Quelqu'un dont on voit tout de suite qu'il n'est pas du coin, quelqu'un qui se balade avec un pistolet passé à la ceinture et une chemise porte-bonheur qui le protège contre les morsures de serpent, quelqu'un qui dit attendre sur l'île que sa fiancée le rejoigne mais qui est aussi recherché pour meurtre. Cet homme étrange s'appelle Mud (Matthew McConaughey, vraiment bon pour une fois). Il effraye les enfants mais, comme les enfants aiment les histoires qui font peur, il les fascine aussi par son paganisme de bazar et sa vie de clochard des bois. Et puis son histoire d'amour contrariée avec sa belle Juniper va droit au cœur d'Ellis, tourmenté qu'il est par son attirance pour une chipie un peu plus âgée que lui, et par les disputes de ses parents.
Ellis se fait le messager, le complice de Mud, et entraîne progressivement Neckbone à sa suite. Il s'agit d'abord de délivrer un message à Juniper (Reese Witherspoon, comme une version plus âgée et plus abîmée par la vie du personnage qu'elle incarnait dans Un été en Louisiane), puis de rapporter à Mud les pièces qui lui permettront de retaper le rafiot perché. Le monde de son enfance se délitant autour de lui (entre la perspective du divorce des parents et celle de la destruction de la baraque au bord de l'eau), son adolescence à peine ébauchée le rendant invisible aux filles, Ellis est la victime consentante des bobards de Mud, qu'il ne suit que parce qu'il a envie et besoin de croire. Mud, tout illuminé d'un enthousiasme naïf qu'il est, est le seul qui permette à Ellis de se sentir important, qui lui donne l'illusion d'avoir une prise sur le monde et sur le cours de l'histoire.
Ce qui est bien sûr faux puisque Mud présente les choses au-travers du prisme de sa propre candeur enfantine, et qu'il n'est pas plus le preux sauveur de Juniper que celle-ci n'est une princesse. La lumière finit par tomber sur les sordides vérités des adultes, une fois celles-ci débarrassées des contes. Pour avoir déçu les attentes d'Ellis, Mud sera contraint de sortir de sa passivité et d'avoir à son tour un rôle dans l'histoire - tout autant que le jeune garçon il sera contraint de grandir et de tourner la page.
Finalement les sortilèges de la nature auront été peu de choses en regard de la malhonnêteté des hommes - voici un beau récit initiatique qui croise Mark Twain avec Les contrebandiers de Moonfleet.
